少女達の冷戦が終戦を迎え、しばらくの時間が流れた頃。
彼等の居る場所から離れた、惑星『モトゥブ』に存在する施設内で警報音が鳴り響いていた。
そこはこの世界に存在する『原生生物』達が集められ、研究するために使用されている施設。

そこから、一匹の小型原生生物『ナヴァル』が脱走を果たす・・・

青年と小型原生生物の、とある再開の物語。