アメリカでタトゥーの男による連続殺人事件が起きていたが、その男が日本に逃走したと聞いて人々を震撼させていた。その後、忍者勇斗の彼女である沙織に危険が迫り妖魔の仕業と分かった勇斗に立ちはだかる新たな宿敵と戦いが始まる。父の生命が危ないとしっていた勇斗と愛美は過去に戻ってきたが、明治維新になっても関所が置かれていて戊辰戦争が始まってから 幕府は不正を働かしていた。