幕末の頃に刀狩り制度に歯向かった忍者たちは伊賀の里で兵隊に攻撃されて、ほぼ全滅した。そんな中でたった一人の有能な忍者が昔に徳川家康から授かった相生家の家宝である赤い鞘の斬神刀を持つ伊賀の里を脱出することができた。偽の天皇を率いる三冠王の陰謀であることが解った伊賀忍者の勇に迫る物の怪との戦いと三冠王の一人が仲間を裏切り呪いを封印した陵墓の埋蔵金を掠めて未来の大和の危機が起きしまって未来へと戦いに行くことになった。