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　人間の心の虚無をエンジンとして駆動する兵器《機械》は、近未来の東京、廃墟となったゲイテッド・コミュニティ「東京ヘブンズゲイト」から降り注ぐ「死神」と呼ばれる怪物と戦うべく開発された。開発者クロガネが、それを操る天才兵士として見出したのが、人並み外れた虚無を抱えるゼロシキという少年だった。
　ゼロシキの目の前に現れた謎の少女・タチバナ、クロガネの息子ハルミと、ハルミの母親で盲目のユキ、《機械》の本当の開発者で失踪した天才科学者ナルセ、狂気の精神科医キド。
　「東京ヘブンズゲイト」の謎やクロガネの過去、《機械》誕生の秘密がからまり合う中で、過去の闇に苦しむゼロシキは虚無に依存しながら力を追い求め、バランスを失っていく――