1985年のある夜、東京下町の梶原銀座商店街に住む孤独な高校生「仁」は、魂だけで存在する種族の一人から、帰還の儀式を執り行うように迫られる。魂だけで存在する種族（石神）とは何物か？その降臨の真の狙いは何か？
仁の幼馴染みのアスナと雄一、アスナの従妹で耳の聞こえない祥子、彼らの親たち、そして商店街の人たちは、石神の帰還の儀式に巻き込まれる。どんな結末が待つのか？
それから、失われた10年を経た1999年、四人はそれぞれの運命に翻弄されていたが、千年杉に閉じ込められていた石神の恋人を救出する騒動に再び巻き込まれる。
さらに、祥子と青年実業家の婚約話が進む中、祥子に淡い恋心を抱いた仁は、石神の不思議な力を利用した秘策を打つ。果たして、その結末は？
東京の下町で巻き起こったファンタジックな青春物語であり、以下に目次を示す。
第1章　プロローグ
　　6000年前
　　魂だけで存在する種族の降臨
　　1000年前
第2章　1985年
　　3人の一人っ子
　　町内の人たち
　　4人目の一人っ子
　　石神
　　帰還の儀式
第3章　1999年
　　天界の女性
　　失われた10年
　　再会
　　女神
　　対決
　　乱入
　　エクソダス（脱出）