「これは地球の感情」彼女たちはそう信じた。近未来。各国が本格的に海洋資源探査に乗り出す中、沖縄海溝の東の１６００メートルの深海に海洋探査の試験用に運用される海底基地「ニライカナイ」があった。深海探査船の操縦者で主人公の陽子は、地磁気を研究するフィリピン人女性学者ジョアンナの調査を手伝うためにニライカナイに赴く。そこでは海底資源を巡る各国の争いが繰り広げられていた。
そんなニライカナイ基地はある日、国籍不明の潜水艦の事故に遭遇し、ニライカナイ基地にも被害が及び基地の要員は命の危機にさらされる。