「第三部、本願寺蓮如」は愛洲移香斎の師匠、風眼坊が昔の仲間だった火乱坊に誘われて加賀の国へと行き、本願寺の法主である蓮如上人と出会い、本願寺の最初の一揆に巻き込まれて活躍する話です。加賀の国を奪い合っている富樫政親と幸千代の兄弟、本願寺のために戦う蓮如の執事の下間蓮崇、慶覚坊（火乱坊）、富樫政親を仇と狙うお雪、一族を守るために悩む疋田豊次郎。風眼坊も自分を見つめ直して変わって行きます。そして、飯道山に呼ばれるようにして集まった、太郎（愛洲移香斎）と早雲（伊勢新九郎）と再会します。