中国でいう三国時代、倭国（日本）は、巫女の占いによって統治されていた。邪馬台国の皇子月読は、巫女であり大王である姉卑弥呼の審神者として、忙しい日々を送っていた。だがある嵐の夜、卑弥呼は激しい祈祷の末に命を落とし、月読は国の安定保持のため、姉の姿を偽ることになる。
　八年後、女王を偽った罪で国を追われた月読は、姉の夢であった倭国統一を実現すべく、その障害となっている狗奴国討伐の旅に出る。彼は、連合国との関係を深めながら、巫女の占いに頼らない政（まつりごと）の必要性を確信していく。
　一方、大王となって邪馬台国に残ることを決意した壹与は、優れた巫女であったが、月読への恋心を自覚したことで、霊力を失ってしまう。絶望した彼女を支えたのは、彼女を幼い頃から慕う、聡明な少年男鹿だった。