プロテスタントに対抗し、ローマ教皇自ら改訂をおこなったシクストゥス聖書。それがなぜ葬り去られたのか？
消えたシクストゥス聖書の手がかりは、フィレンツェのメディチ家にあった。それを調べていくなか、日本人留学生トマス等は、350年前、南フランスを中心に起こったカタリ派キリスト教徒とヴァチカンの争いに巻き込まれていく。
メディチ家とカタリ派の関わりは？　またローマのサンタンジェロ牢獄には、その謎を知る哲学者ジョルダーノ・ブルーノが異端の罪で捕らえられており、同じ牢獄には、カタリ派信徒ベアトリーチェ・チェンチも、父親殺しの罪で捕らえられていた。
16世紀末、キリスト教会の闇が日本の留学生トマス等を包み込んでいく！