あらすじ

　時任夜斗(ときとうないと)は高校受験に失敗し、中学時代に苛(いじ)められていた財堂(ざいどう)剣哉(けんや)らに絡(から)まれていた所を、「女神の卵」と名乗る少女、日向優羽(ひむかいゆうは)に救われ、超難関校「亜世那(アセナ)アカデミア」に補欠合格した事を報される。

　学園へ向かう列車内で、夜斗と優羽は異世界である「ゾーン」からの侵入者に襲われる。優羽は、ゾーンに現れた彼女の兄、「霧の騎士」の助けを受け、それを撃退する。瀕死の夜斗を救う為、優羽は魂を共にする不死身の「守護者」として夜斗を復活させる。

　夜斗は学園の「特殊学科」に仮入学し、人間から女神への進化を目指す女神の卵達が住む春原寮(はるはらりょう)に向かう。

　寮には優羽、月宮(つきみや)琴美(ことみ)、火比谷(ひびや)加乃子(かのこ)、水瀬澪(みなせみお)、木鳥(ことり)あやめ、金森(かなもり)由真(ゆま)、堯韶鈴(ヤオシャオリン)の七名が住み、夜斗も共に暮らす事になる。

　入学式当日、学園の「騎士科」に配属された夜斗は、同じクラスに財堂がいる事に驚く。財堂の挑発により、夜斗は守護者の証である「聖紋(せいもん)」と、時間操作能力を持つナイフの力を発現させる。

　財堂は夜斗に決闘を申し込むが、財堂は人間の神への進化を阻む組織「ＺＩＤＯ(ジード)」の暗殺者「神狩(かみが)り」であり、夜斗を時限爆弾と化して学園地下の巨大なゾーンの解放を企んでいた。

　学園の創立者記念日、決闘に赴いた夜斗は、財堂の作った「結界」で、優羽ら女神の卵達と共に侵入者に襲われるが、優羽達の奮闘や夜斗の時間操作能力により、財堂を倒す事に成功する。

　だが、時限爆弾を防ぐ「封印(ふういん)」でもあった時間操作の度重なる使用により、爆発が迫った夜斗は、自らを上空で爆発させる。

　ゾーンの解放から学園を救った夜斗は、再び霧の騎士の助けを受けて地上に戻る。

　復活した夜斗は優羽の守護者、「ナイフの騎士」として、新たな学園生活を始める。