＃４グリッドクラッカーズに続く戦い。ボットネット「アイランドNWS」をついに構築したラッティとその配下のクドルチュデスが日本・アジア統合行政システムSAISへの攻撃を開始し、抵抗する「天使隊」との戦いを始める。しかしその天使隊の最後の切札は論理の世界でも人間型人間サイズの突破戦闘艦シファとミスフィであった。クドルチュデス討滅のためのアップデートを行うシファとミスフィ、そしてクドルチュデスを追う電子犯罪課の巡査補たち。戦いは論理世界内でも、現実世界でも苛烈となっていく。