伊賀忍者の相生勇斗たちは幕末から時空転送の門をくぐっていった三冠王を追って物の怪たちの日本征服を企んだ物の怪界の支配下を阻止した。三冠王のしもべの九尾狐に時空転送の門を破壊されて未来で元に戻る手段を失っていた。ある日の夜に勇斗の自宅マンションの屋上にパピュラス星人が現れて永遠の命と引換に時空転送の門を置いていった。翌日の昼に勇斗はアメリカの未来から時空転送の門をくぐってきたスティーブン・ルノーという同じ年ぐらい青年と出会って、高校教師をやっていて生徒が卒業するまでの休日に恋人の元小雪娘の川村沙織と一緒に与那国島へ行くと言うとルノーも一緒に行きたいと言い出して３人で行くことになった。スティーブンはアメリカの未来からやってきた訳が物の怪たちを退治した忍者たちに会うことだった。
果たして与那国島でなにが巻き起こるのか！