シファとミスフィに空賊の調査が発令される。調査に協力する民間空中船舶は順調に航海を進めるが、思いもよらぬ空賊とは思えない重武装艦艇が現れる。脱出し救出の方法を探るシファとミスフィを待っていたのは、ドクターラッティによるアジア圏行政管理システムSAISのダウンであった。その解決には唯一、ラッティの放ったワームウイルスに汚染されていないシファたちによるSAISのサルベージ。しかしそのとき、ラッティはSAISの秘密にアクセスしつつあった。ラッティとの間接的対決。そしてその後、危機は調査に協力した船舶に及ぶ。空賊にはあり得ない重武装艦艇とのシファ級初の艦対艦戦闘が発生する。