十一年にわたった応仁の乱がようやく終結した。実質的な敗者となった西軍の武将たちは、大御所足利義政に降参した。だが義就だけは、なぜか許されない。義就は孤独な戦いをしいられる。そしてついに幕府が総力をあげて義就討伐に乗りだすことになった。政略、軍略を駆使して圧倒的な幕府軍の戦力を削ぐ義就。それでも兵力の差は、いかんともしがたい。苦慮のすえ義就は、夷狄調伏の法会である大元帥ノ法を用いて、幕府軍と戦うことに決めた。義就のいう十万の神兵は、本当に降臨するのか。日本の歴史で初めてとなる戦いのひぶたが切られる。
自分の正体と定めを知った義就は、どこへ行こうとするのか。仏法・王法の敵とよばれた義就が去り、日本は乱世に突入して行くのだった。