義就が還俗し畠山家の当主になったことで、畠山家は分裂した。母の身分のためさげすまれ、東寺の落ちこぼれとして馬鹿にされる義就。そしてついに頼みにしていた将軍義政からも見放されてしまう。朝敵、賊徒として、日本全国の軍勢数万に攻められることになった義就は、南河内の嶽山城に籠ることになった。預かってきた少女の袈裟を、母の土用はなぜか連れて行けという。史上に例をみない長い籠城戦がはじまる。
また義就の兄、祐清は東寺の直務代官として、備中新見荘に赴くことになった。高い志をなし遂げるため、励む祐清。だが新見荘には、深い闇が広がっていた。
混迷をふかめてゆく時代を、はたして二人は乗り切って行けるのだろうか。