江戸時代、鎖国政策下の日本で唯一海外への窓口であった長崎には特殊な隠密集団があった。その名も「赤鴉(セキア)衆」。紅毛人(オランダ人)と日本人遊女との間に生まれた彼らは日本最強の国際諜報員として魔都長崎を舞台に暗躍する。

その頃ヨーロッパでは「フランス革命」に端を発した「ナポレオン戦争」が勃発。オランダはフランスの属国となり、敵対するイギリスはオランダの海外植民地や居留地を侵略していた。そしてついにアジア最大の収益を誇る長崎オランダ商館を支配下に治めるべくイギリス艦「フェートン」号が来襲する。

実際にあった鎖国期における最大の国際事件「フェートン号事件」の題材にしたイギリス対日本のスパイ戦を描く。